В миру Алексей Васильевич Молчанов, родился в 1853 году в селе Кильмезь Сарапульского уезда Вятской губернии (ныне Удмуртия).

В 1876 году Алексей окончил Вятскую духовную семинарию в числе лучших студентов.

В 1876-1883 годах Алексей Васильевич служил заведующим сельским Кукорским земским училищем, а также псаломщиком в храмах Вятской епархии.

В 1883 году он поступил в Казанскую духовную академию и в том же году был рукоположен во диакона к Михаило-Архангельской академической церкви. В 1885 году он был рукоположен во священника.

В 1887 году отец Алексий окончил академию. Через год за сочинение «Святой Киприан Карфагенский и его учение о Церкви» он был удостоен степени магистра богословия.

В 1887-1899 гг. иерей Алексий служил законоучителем 1-й и 3-й гимназий в Казани, а также училища глухонемых детей.

В 1897 году отец Алексий овдовел. 4 сентября 1899 года в казанской Вознесенской крестовой церкви он принял монашеский постриг с сохранением имени и был возведен в сан архимандрита.

7 сентября 1899 года архимандрит Алексий (Молчанов) получил назначение на должность ректора Казанской духовной семинарии. С 24 сентября он также служил епархиальным цензором.

20 июля 1900 года он был назначен ректором Казанской духовной академии и 9 сентября был хиротонисан во епископа Чистопольского, викария Казанской епархии.

Владыка Алексий являлся председателем нескольких казанских обществ и комитетов: Совета миссионерских курсов, Комитета по устройству публичных чтений при библиотеке св. равноап. кн. Владимира, Комиссии по наблюдению за преподаванием Закона Божия в учебных заведениях Казани, Общества вспомоществования недостаточным студентам академии, а также членом Казанского губернского комитета.

26 марта 1905 года епископ Алексий, сложив с себя ректорские и прочие обязанности, покинул Казань. Он был назначен правящим архиереем на Таврическую и Симферопольскую кафедру.

В 1910 году владыка был переведён на Псковскую и Порховскую кафедру.

17 апреля 1912 года он был назначен епископом Тобольским и Сибирским.

2 ноября 1913 года владыка Алексий был определён экзархом Грузии и возведён в сан архиепископа Карталинского и Кахетинского.

20 мая (2 июня) 1914 года архиепископ Алексий скончался от болезни почек и горловой чахотки. Погребён на родине, в селе Кильмезь.