Определением Священного Синода от 19 июля 1999 года был принят единый устав Духовных семинарий, в связи с которым Казанская духовная семинария прошла регистрацию, получив статус юридического лица и регистрационное свидетельство от 28 декабря 1999 года. Весной 2000 г. семинарию посетила специальная лицензионная комиссия Министерства Образования РФ, в результате чего Казанская духовная семинария получила лицензию на право ведения образовательной деятельности в сфере религиозного образования № 24-0137 от 20 апреля 2000 г.

Учебный план Казанской духовной семинарии предполагает преподавание не только богословских, но и светских дисциплин, которые являются необходимыми для получения высшего гуманитарного образования и без изучения которых в наше время затруднительно совершать миссионерское служение в современном обществе. Семинария обладает ценным сокровищем – обширной библиотекой, в которой основную часть составляют чудом сохранившиеся книги из фундаментального и студенческого фондов бывшей Казанской духовной академии, а также из других учебных духовных заведений города Казани — Высших Миссионерских Курсов, Женского Епархиального Училища и других.